Tai seniausia Lietuvos biblioteka, kunigaikščio Mikalojaus Radvilos Juodojo įsteigta 1557 metais prie Vilniaus evangelikų reformatų bažnyčios. Per keturių šimtų šešiasdešimties metų istoriją Biblioteka pergyveno kitatikių pogromus ir gaisrus, buvo kilnojama iš vienos vietos į kitą. Reformatų Sinodo biblioteka labai nukentėjo nuo gaisrų ir religinių sąmyšių 1591, 1611 ir 1639 metais. Dėl gręsiančių pogromų keletą kartų buvo perkelta iš vienos kunigaikščių Radvilų valdos į kitą: buvo atsidūrusi Alantoje, 1642 m. pervežta į Kėdainius. Uždarius Kėdainių evangelikų reformatų Šviesiąją gimnaziją, 1837 m. perkelta į Slucką, iš kur 1864 m. grąžinta į Vilnių.

Pirmojo pasaulinio karo metu vėl iškelta į Slucką. 1921-1924 metais biblioteką tvarkė superintendentas kun.Jonas Šepetys, 1926m. – Steponas Kadaras (superint. Andriaus Kadaro sūnus), 1928 m. –  dr.Adomas Lysakovskis (Łysakowski), kuris sukatalogavo 2/3 rinkinio, pradėjo inventorizaciją ir peršifravo knygas. Jo darbą tęsė dr.Stefanas Burhardtas, tačiau nebaigė. 1941 metais Sinodo biblioteka tapo Lietuvos Mokslų akademijos bibliotekos dalimi. Baigiantis II pasauliniam karui užsidegė Sinodo rūmai dabartinėje Pylimo gatvėje, sudegė dalis bibliotekos. Dalis išlikusių knygų saugomos Lietuvos Mokslų akademijos Vrublevskių bibliotekoje, dalis – Lietuvos nacionalinėje Martyno Mažvydo bibliotekoje. Kadangi ilgą laiką kataloguojant leidinius jų proveniencijos* nebūdavo nurodomos, pagrindinis knygų priskyrimo Sinodo bibliotekai kriterijus – rankraštiniai įrašai apie knygos priklausymą Vilniaus evangelikų reformatų Sinodo, Slucko gimnazijos ar bažnyčios bibliotekoms, bibliotekos ekslibrisai bei antspaudai. Kaip jie atrodo, galima susipažinti svetainėje proveniencijos.lnb.lt.(keletą matome fotografijose). 

Biblioteka fondus kaupė pirkdama ar gaudama dovanų – savo sukauptas knygas pagal testamentus palikdavo kunigai. Taip XVIIa. viduryje knygas jai skyrė kun.Andrius Velzijus (A. Welzjusz), Sebastijonas Pakošas (Pakosz). 1623 metais Vilniaus superintendento kun.Jokūbo Kosteckio biblioteką po jo mirties nupirko ir Sinodui perdavė Kristupas Radvila. XIX amžiuje knygas dovanojo: 1814m. – apie 100 knygų Slucko pavieto teismo vykdytojas Samuelis Aniševskis (Aniszewski), 1824m. – Naugarduko pavieto didikė Kristina Otenhauzaitė (Ottehauzówna), 1829m. – Jurgis Okolovas 1000 tomų, dalis jų buvo iš Branickos, karaliaus Stanislovo Augusto Poniatovskio sesers, rinkinių) ir kt. XIX amžiaus  pab. apie 1500 tomų bibliotekai paliko generalinis superintendentas kun.Stefanas Lipinskis (lydėjęs Simoną Konarskį į egzekucijos vietą) bei pats Sinodas nupirko dalį Julijono Biergelio bibliotekos. XX amžiuje nupirkta gausi Stepono Kadaro biblioteka.

1937 metais biblioteka turėjo 10 410 pavadinimų knygų 17 782 tomuose, tarp jų – 5 inkunabulus (iš Rocznik statystyczny Wilna 1937. Wilno, 1939). Bibliotekoje vyravo lotynų kalba spausdintos knygos – 32%, vokiečių kalba – 28%, lenkų – 22%, prancūzų – 11%, kitomis kalbomis – 7%. Turinio atžvilgiu teologinė literatūra sudarė 45% fondo – buvo sukaupti Europos, Lenkijos ir LDK reformatų veikalai, poleminė priešingos stovyklos literatūra. Taip pat būta istorinės, teisinės, filosofinės, grožinės ir kitokios lektūros. Dauguma pasaulietinio turinio knygų buvo sukaupta Slucko evangelikų reformatų gimnazijos bibliotekoje. Gimnazija, įkurta 1626m. LDK etmono Kristupo Radvilos (1585–1640), garsėjo savo aukštu mokymo lygiu ir gyvavo iki pat 1914 metų.

*Proveniencija (lot. provenio – kylu, atsirandu) – knygos priklausomybės nustatymas pagal jos ankstesnių savininkų, įstaigų, organizacijų ar bibliotekų įrašus, knygos ženklus ar kitus duomenis.