Sinodas yra Lietuvos evangelikų reformatų aukščiausioji bažnytinės savivaldos institucija. Sinodo nariai arba sinodalai yra visi ordinuoti dvasininkai (kunigai, diakonai), Sinodo išrinkti pasaulietiniai vyresnieji-kuratoriai ir parapijose išrinkti delegatai (1 metų kadencijai). Sinodų suvažiavimai yra eiliniai ir neeiliniai. Eilinių sinodų suvažiavimai vyksta kasmet, Biržuose,  evangelikų reformatų bažnyčioje per Jonines. Neeiliniai Sinodo suvažiavimai yra paskiriami Sinodo arba kviečiami Konsistorijos sprendimu nurodytu laiku ir vietoje, iškilus būtinybei. Sinodo vadovas - Sinodo direktorius, visuomet renkamas iš kuratorių. Jis pirmininkauja sesijų posėdžiams ir atsako už tvarką Sinodo metu. Direktoriaus pavaduotojas pagal pareigas (ex officio) yra Lietuvos evangelikų reformatų generalinis superintendentas - dvasininkas. Iš kunigų taip pat renkami Sinodo cenzorius (dvasininkas, atsakingas už procedūrų ir bažnytinės teisės priežiūrą) ir sekretorius (dvasininkas, atsakingas už Sinodo aktų surašymą). Sinodo posėdžiai (sesijos) yra atviri ir uždari. Atviruose gali dalyvauti visi evangelikai reformatai su patariamojo balso teisę ir svečiai. Uždaruose - tik turintys sprendžiamąjį balsą dvasininkai, kuratoriai ir delegatai. Prieš eilinius Sinodo suvažiavimus vyksta priešsinodinė sesija (atviras Konsistorijos posėdis, jame dalyvauja visi dvasininkai, kuratoriai ir išrinkti parapijų delegatai). Priešsinodinė sesija paruošia ir patvirtina Sinodo darbotvarkę ir svarstomus klausimus. Patvirtintos Sinodo nutarimų kopijos yra išdalinamos visiems sinodalams. Kanonai skelbiami viešai per sinodines pamaldas ir bažnytinėje žiniasklaidoje. Renka 3 metų kadencijai Konsistoriją ir generalinį superintendentą.